Trong những năm qua, nhà trường đã tổ chức tiến hành công việc nghiên cứu vừa nhằm tăng cường học thuật, vừa như một phương tiện hỗ trợ cho công tác giảng dạy. Kết quả của nhiều nghiên cứu đã được các giới chức y tế và hoạch định chính sách trong nước hoan nghênh, và đồng nghiệp quốc tế ghi nhận. Công tác nghiên cứu của Trường cũng đã lôi cuốn được sự tham gia không những của giảng viên và sinh viên của trường, mà còn của cả những tổ chức và các cá nhân khác, thông qua những hệ thống và chương trình khác nhau, trong đó nổi bật nhất là:

• Cơ sở Chililab : một hệ thống nghiên cứu thực địa theo rõi mối quan hệ phức tạp của các yếu tố nhân khẩu và dịch tễ, tập trung vào các vấn đề sức khỏe vị thành niên và đo lường tác động của các biến số kinh tế xã hội tới sức khỏe của cộng đồng và từng cá thể của cộng đồng.

• Hội Y tế Công cộng Việt Nam (VPHA) : một hệ thống giúp thử nghiệm và áp dụng các biện pháp y tế công cộng trong ba miền khác nhau của đất nước (Bắc, Trung, Nam

• Chương trình tăng cường năng lực nghiên cứu và giảng dạy cho hai bộ môn: khoa học xã hội và sức khỏe sinh sản, tập trung vào việc xây dựng giáo trình cho 5 môn học cụ thể và lĩnh vực nghiên cứu thực địa.

• Trung tâm Nghiên cứu Chính sách và Phòng chống Chấn thương đã tiến hành cuộc điều tra về chấn thương tại Việt Nam năm 2001.

• Công trình nghiên cứu về chức năng của y tế công cộng được tiến hành ở Việt Nam, Malaysia và Fiji – là một nghiên cứu chiến lược nhằm giúp Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) và các chính phủ tham gia nghiên cứu này xây dựng các chiến lược và chính sách về y tế. Kết quả của nghiên cứu này đã được WHO xuất bản thành văn kiện chính thức.

Và nhiều các dự án nghiên cứu khác về sức khỏe vị thành niên, làm mẹ an toàn, HIV/AIDS, gánh nặng bệnh tật, sử dụng kết quả nghiên cứu trong xây dựng chính sách, thông tin quản lí y tế, phòng chống côn trùng gây hại, chấn thương tinh thần, vân vân...