Quan hệ hợp tác trong nước của trường cũng có những thành tích đáng kể, trong đó nổi bật nhất là việc thành lập và hoạt động của Hội Y tế Công cộng Việt Nam (VPHA) với sự hỗ trợ tích cực của tổ chức Từ thiện Đại Tây Dương. VPHA sẽ là tổ chức đi đầu tại Việt Nam trong việc nghiên cứu, tư vấn các vấn đề y tế công cộng, cũng như triển khai và xây dựng một mạng lưới các chuyên gia y tế công cộng khắp đất nước, một diễn đàn cho các vấn đề bức xúc trong lĩnh vực y tế công cộng cũng như việc xây dựng chính sách liên quan đến lĩnh vực này. Trường cũng làm việc chặt chẽ với các Bộ: Y tế, Giáo dục cùng nhiều vụ, viện trong và ngoài ngành y tế.